Making a heatmap
df <- as.matrix(df)
heatmap(df)
heatmap(df, scale = "column")
heatmap(df, scale = "column", col = cm.colors(256))
heatmap(df, scale = "column", col = terrain.colors(256))
library(RColorBrewer)
coul <- colorRampPalette(brewer.pal(8, "PiYG"))(25)
heatmap(df, scale = "column", col = coul)
display.brewer.all()
volcano
## [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
## [1,] 100 100 101 101 101 101 101 100 100 100 101 101 102
## [2,] 101 101 102 102 102 102 102 101 101 101 102 102 103
## [3,] 102 102 103 103 103 103 103 102 102 102 103 103 104
## [4,] 103 103 104 104 104 104 104 103 103 103 103 104 104
## [5,] 104 104 105 105 105 105 105 104 104 103 104 104 105
## [6,] 105 105 105 106 106 106 106 105 105 104 104 105 105
## [7,] 105 106 106 107 107 107 107 106 106 105 105 106 106
## [8,] 106 107 107 108 108 108 108 107 107 106 106 107 108
## [9,] 107 108 108 109 109 109 109 108 108 107 108 108 110
## [10,] 108 109 109 110 110 110 110 109 109 108 110 110 113
## [11,] 109 110 110 111 111 111 111 110 110 110 112 114 118
## [12,] 110 110 111 113 112 111 113 112 112 114 116 119 121
## [13,] 110 111 113 115 114 113 114 114 115 117 119 121 124
## [14,] 111 113 115 117 116 115 116 117 117 119 121 124 126
## [15,] 114 115 117 117 117 118 119 119 120 121 124 126 128
## [16,] 116 118 118 118 120 121 121 122 122 123 125 128 130
## [17,] 118 120 120 121 122 123 124 124 125 126 127 129 132
## [18,] 120 121 122 123 124 125 126 127 127 128 130 132 134
## [19,] 120 122 125 126 126 127 128 129 130 130 132 134 136
## [20,] 121 124 126 128 129 129 130 131 132 133 135 137 139
## [21,] 122 125 127 130 130 131 133 134 135 136 137 140 143
## [22,] 122 125 128 130 132 133 135 136 137 139 140 143 147
## [23,] 123 126 129 131 133 135 137 138 139 141 143 147 150
## [24,] 124 127 130 132 135 137 138 140 142 144 147 149 154
## [25,] 123 128 131 133 136 138 140 142 144 146 149 151 154
## [26,] 123 127 131 134 136 138 140 142 144 147 149 151 154
## [27,] 120 124 128 131 134 137 139 142 144 146 149 151 153
## [28,] 118 121 125 129 132 134 137 140 142 145 147 149 151
## [29,] 117 120 121 125 129 132 135 138 140 143 145 147 149
## [30,] 115 118 120 122 126 130 133 136 138 141 143 145 148
## [31,] 114 116 118 120 122 127 131 133 136 138 141 143 146
## [32,] 115 114 116 118 120 122 127 129 132 136 139 141 143
## [33,] 113 113 114 116 118 120 122 125 129 133 136 138 141
## [34,] 111 112 113 114 116 118 120 122 126 130 133 136 139
## [35,] 110 112 113 113 114 116 118 120 123 127 131 134 137
## [36,] 109 110 111 112 114 116 118 119 120 124 128 131 136
## [37,] 108 109 111 112 114 116 117 118 120 121 125 128 132
## [38,] 108 109 111 113 114 116 117 118 119 120 122 126 130
## [39,] 107 108 111 112 114 115 116 117 119 120 121 124 128
## [40,] 107 108 110 112 113 113 115 116 118 120 122 125 128
## [41,] 107 108 109 111 113 114 116 117 119 120 122 125 128
## [42,] 108 109 110 112 114 115 116 117 119 120 122 126 129
## [43,] 109 110 111 113 115 116 117 118 120 121 123 126 129
## [44,] 110 111 112 113 116 117 118 119 120 122 125 127 130
## [45,] 111 112 113 114 116 117 118 119 120 123 125 128 130
## [46,] 111 112 113 115 117 118 118 120 121 124 126 128 131
## [47,] 112 113 114 116 117 118 119 120 122 124 127 129 132
## [48,] 113 114 115 116 117 119 119 120 122 125 127 129 132
## [49,] 113 114 115 117 118 119 120 121 123 125 127 130 132
## [50,] 114 115 116 117 118 119 120 121 123 126 128 130 133
## [51,] 115 116 117 118 119 120 121 121 123 126 128 131 134
## [52,] 115 116 117 118 119 120 121 122 123 125 128 131 134
## [53,] 114 115 116 116 118 119 120 121 122 126 129 132 135
## [54,] 113 114 115 116 117 118 119 120 123 126 129 132 135
## [55,] 112 113 114 115 116 117 119 120 122 126 130 133 136
## [56,] 111 112 114 115 116 117 118 120 122 125 131 134 137
## [57,] 111 112 113 115 115 116 117 119 121 126 131 135 138
## [58,] 112 113 113 114 115 116 117 119 122 127 132 135 139
## [59,] 112 113 114 114 116 117 118 120 122 128 132 136 139
## [60,] 112 114 114 115 116 117 119 120 122 128 133 136 140
## [61,] 113 114 115 116 116 117 118 120 123 129 133 137 140
## [62,] 114 115 115 116 117 118 118 120 123 129 133 137 140
## [63,] 114 115 116 117 117 119 118 120 123 128 132 136 139
## [64,] 115 116 116 117 118 119 119 120 124 128 132 136 139
## [65,] 115 116 117 118 118 119 120 123 125 128 131 135 138
## [66,] 116 117 118 118 119 120 122 123 125 128 131 134 137
## [67,] 116 117 118 119 120 121 123 124 126 128 130 133 137
## [68,] 117 118 119 119 120 121 123 124 126 128 129 131 135
## [69,] 117 118 119 120 120 121 123 124 125 126 128 129 132
## [70,] 116 117 118 120 120 121 122 123 124 125 126 128 130
## [71,] 114 115 116 117 119 119 120 121 122 123 125 127 129
## [72,] 112 113 114 115 116 116 117 119 120 122 124 126 127
## [73,] 109 111 112 112 113 113 113 114 116 119 121 123 124
## [74,] 106 107 108 108 109 110 110 112 113 114 117 119 120
## [75,] 104 105 105 106 106 107 108 108 109 109 111 115 116
## [76,] 102 103 103 104 104 105 106 106 107 108 109 111 112
## [77,] 101 102 103 103 104 105 105 106 106 107 108 109 109
## [78,] 100 101 102 102 103 103 104 104 105 106 106 107 106
## [79,] 100 101 101 102 102 103 103 104 104 105 105 105 105
## [80,] 99 100 101 102 102 103 103 103 104 104 104 104 103
## [81,] 99 100 100 101 101 102 102 102 103 103 103 103 102
## [82,] 99 100 100 100 101 101 101 102 102 103 102 102 101
## [83,] 99 99 99 99 100 100 101 101 102 102 101 101 101
## [84,] 98 99 99 99 99 100 100 101 101 102 101 100 100
## [85,] 98 98 98 99 99 99 100 100 101 101 100 100 99
## [86,] 97 98 98 98 99 99 99 100 100 100 100 100 99
## [87,] 97 97 97 98 98 99 99 99 100 100 100 99 99
## [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
## [1,] 102 102 102 103 104 103 102 101 101 102 103 104
## [2,] 103 103 103 104 105 104 103 102 102 103 105 106
## [3,] 104 104 104 105 106 105 104 104 105 106 107 108
## [4,] 104 105 105 106 107 106 106 106 107 108 110 111
## [5,] 105 105 106 107 108 108 108 109 110 112 114 115
## [6,] 106 106 107 109 110 110 112 113 115 116 118 119
## [7,] 107 108 109 111 113 114 116 118 120 121 122 123
## [8,] 108 110 113 115 117 118 120 122 124 125 127 128
## [9,] 111 113 116 118 120 123 125 127 129 130 132 134
## [10,] 116 118 120 122 125 127 129 133 136 138 140 141
## [11,] 121 123 125 127 129 133 137 141 143 145 146 148
## [12,] 124 127 129 133 138 143 146 149 149 151 153 154
## [13,] 126 129 133 140 145 150 154 155 155 157 159 161
## [14,] 128 132 137 143 151 156 161 161 162 163 165 166
## [15,] 131 137 143 150 156 160 163 165 168 170 171 172
## [16,] 134 141 147 152 156 160 165 168 170 174 176 179
## [17,] 135 142 149 153 157 161 166 170 174 178 180 182
## [18,] 137 142 151 155 158 162 169 172 176 181 183 184
## [19,] 139 145 152 157 160 167 172 175 178 181 185 186
## [20,] 143 150 154 159 164 170 173 176 179 184 186 189
## [21,] 147 154 158 162 166 171 174 177 181 186 189 190
## [22,] 152 157 161 164 168 172 175 179 182 186 190 190
## [23,] 156 161 164 167 170 173 177 181 184 187 188 190
## [24,] 157 161 165 168 171 175 178 181 184 186 187 187
## [25,] 157 160 164 168 172 175 178 181 183 184 184 185
## [26,] 157 160 164 168 171 174 178 180 181 181 182 183
## [27,] 156 160 163 167 171 174 178 180 180 180 180 180
## [28,] 155 159 163 166 169 173 177 179 180 180 180 180
## [29,] 153 157 160 163 166 171 174 177 179 180 180 180
## [30,] 151 154 157 160 163 168 171 174 177 179 179 179
## [31,] 148 151 154 157 160 164 168 171 174 178 178 179
## [32,] 146 148 151 153 156 160 164 167 172 174 176 177
## [33,] 143 146 149 150 153 156 160 165 170 173 176 176
## [34,] 142 145 147 148 151 155 158 163 168 173 176 177
## [35,] 141 143 145 148 150 154 157 161 166 171 176 178
## [36,] 140 142 145 147 150 153 157 160 165 170 174 178
## [37,] 138 142 144 147 149 153 156 160 164 170 174 178
## [38,] 135 139 143 147 149 152 156 160 164 169 173 177
## [39,] 133 137 141 145 149 152 156 160 164 168 172 176
## [40,] 132 136 140 145 148 150 155 160 164 167 170 174
## [41,] 132 137 141 144 146 149 152 157 162 166 168 171
## [42,] 133 137 141 143 146 148 151 155 160 164 167 168
## [43,] 133 138 141 143 146 148 150 155 159 163 165 166
## [44,] 133 138 141 143 146 148 150 154 159 162 163 164
## [45,] 134 139 141 144 146 148 151 154 158 161 164 166
## [46,] 135 139 142 144 146 148 151 155 160 164 165 168
## [47,] 135 139 142 144 146 149 152 157 162 167 169 170
## [48,] 135 139 142 144 147 149 154 159 164 169 170 170
## [49,] 135 139 142 145 148 150 156 161 166 170 170 170
## [50,] 136 139 142 145 148 152 157 161 166 168 170 170
## [51,] 136 139 142 145 149 152 157 161 163 164 166 168
## [52,] 137 139 142 145 149 152 156 159 159 160 162 162
## [53,] 137 140 143 146 149 152 155 156 157 158 159 159
## [54,] 138 140 143 146 148 151 153 154 156 157 157 157
## [55,] 138 141 143 146 148 150 152 154 155 155 155 155
## [56,] 139 142 144 146 148 150 152 153 153 153 153 153
## [57,] 140 142 144 146 148 150 151 151 151 151 151 151
## [58,] 141 143 145 147 149 150 150 150 150 150 150 150
## [59,] 141 144 146 147 149 150 150 150 150 150 150 150
## [60,] 142 144 146 148 150 150 150 150 150 150 150 150
## [61,] 142 144 146 149 150 150 150 150 150 150 150 150
## [62,] 143 145 147 150 150 150 150 150 150 150 150 150
## [63,] 142 145 148 150 150 150 150 150 150 150 150 150
## [64,] 142 145 148 150 150 150 150 150 150 150 150 150
## [65,] 141 145 148 150 150 150 150 150 150 150 150 150
## [66,] 141 145 148 149 150 150 150 150 150 150 150 148
## [67,] 140 144 145 147 148 149 150 149 149 147 146 144
## [68,] 139 142 143 145 146 147 147 147 146 144 142 140
## [69,] 137 140 142 143 143 144 144 144 143 141 139 137
## [70,] 134 139 140 141 141 141 141 141 140 138 136 134
## [71,] 133 136 134 134 136 138 138 137 137 135 133 132
## [72,] 129 129 128 127 129 132 133 133 133 133 131 129
## [73,] 125 124 123 123 123 125 127 129 129 128 128 127
## [74,] 121 119 117 117 117 118 120 123 124 125 125 125
## [75,] 114 113 112 111 110 111 113 116 119 122 122 122
## [76,] 110 109 108 108 108 108 109 110 112 116 117 117
## [77,] 107 106 106 105 105 105 106 107 108 109 110 111
## [78,] 106 106 105 105 104 103 103 104 105 107 108 110
## [79,] 106 105 105 104 103 102 101 102 103 104 106 107
## [80,] 104 104 104 104 102 101 101 102 103 104 105 107
## [81,] 103 103 104 103 102 101 101 101 102 103 104 106
## [82,] 102 102 103 103 101 101 100 101 101 102 103 105
## [83,] 101 101 102 102 101 100 100 101 101 101 103 104
## [84,] 100 101 101 101 100 100 100 100 101 101 101 103
## [85,] 99 100 100 100 100 100 100 100 101 101 101 102
## [86,] 99 99 100 100 100 100 100 100 100 101 101 101
## [87,] 99 99 99 100 100 100 100 100 100 101 101 100
## [,26] [,27] [,28] [,29] [,30] [,31] [,32] [,33] [,34] [,35] [,36] [,37]
## [1,] 104 105 107 107 107 108 108 110 110 110 110 110
## [2,] 106 107 109 110 110 110 110 111 112 113 114 116
## [3,] 110 111 113 114 115 114 115 116 118 119 119 121
## [4,] 114 117 118 117 119 120 121 122 124 125 126 127
## [5,] 118 121 122 121 123 128 131 129 130 131 131 132
## [6,] 121 124 126 126 129 134 137 137 136 136 135 136
## [7,] 125 127 129 130 135 140 142 142 142 141 140 140
## [8,] 129 131 134 135 141 146 147 146 146 145 144 144
## [9,] 135 137 139 142 146 152 152 151 151 150 149 148
## [10,] 142 148 150 151 156 158 159 158 157 158 158 154
## [11,] 150 154 156 159 161 162 163 164 163 164 164 160
## [12,] 157 159 160 163 165 166 167 168 168 168 168 166
## [13,] 162 164 165 167 168 169 170 172 174 172 172 171
## [14,] 167 168 170 171 173 175 177 179 178 177 176 176
## [15,] 173 174 175 177 179 180 182 183 183 183 183 180
## [16,] 180 181 181 182 182 183 184 186 187 187 184 184
## [17,] 183 184 184 185 186 186 187 189 189 189 189 189
## [18,] 186 187 188 189 189 189 189 190 190 191 190 190
## [19,] 188 190 191 192 193 193 192 192 191 192 191 191
## [20,] 190 191 192 193 194 195 194 193 192 191 191 191
## [21,] 190 191 192 191 191 190 189 188 189 190 190 191
## [22,] 190 190 189 187 184 184 183 182 182 183 183 183
## [23,] 189 187 185 183 179 176 174 174 174 174 174 176
## [24,] 184 184 181 179 175 171 169 168 168 168 169 170
## [25,] 183 180 177 174 170 167 165 164 164 164 165 166
## [26,] 181 178 173 169 166 163 161 161 160 160 161 163
## [27,] 180 175 171 167 162 160 158 157 157 157 158 159
## [28,] 179 174 169 166 161 158 156 154 153 153 154 156
## [29,] 179 172 168 164 160 157 154 151 149 150 150 154
## [30,] 176 171 167 164 160 156 153 149 148 149 151 155
## [31,] 177 173 169 165 161 157 154 151 149 150 152 155
## [32,] 176 173 170 166 162 159 157 154 153 154 155 158
## [33,] 176 173 172 169 165 163 160 158 157 158 159 161
## [34,] 177 176 174 171 169 166 164 161 161 162 164 165
## [35,] 178 178 176 174 172 170 167 167 167 166 168 170
## [36,] 179 179 178 178 176 174 171 170 170 170 168 167
## [37,] 180 180 179 179 178 176 172 170 170 170 168 166
## [38,] 180 180 180 180 179 178 174 170 170 168 167 165
## [39,] 179 180 180 180 179 178 174 170 168 166 165 163
## [40,] 177 179 179 178 176 176 173 169 166 164 163 161
## [41,] 173 175 175 173 172 172 171 168 165 162 160 158
## [42,] 169 170 170 169 168 167 168 166 163 160 158 155
## [43,] 167 168 168 166 165 164 161 160 159 158 155 152
## [44,] 166 166 166 165 163 161 159 157 156 155 153 150
## [45,] 167 168 166 165 163 161 158 156 154 152 150 146
## [46,] 169 169 168 166 163 160 158 156 153 151 148 145
## [47,] 170 170 168 165 163 161 159 157 155 151 148 145
## [48,] 170 170 170 168 165 163 161 158 155 151 148 145
## [49,] 170 170 170 169 166 163 161 159 155 151 148 146
## [50,] 170 170 168 166 164 163 160 159 155 151 148 146
## [51,] 167 166 164 163 161 160 158 156 152 149 147 144
## [52,] 161 161 160 159 158 157 155 153 150 148 146 145
## [53,] 159 158 158 157 155 153 151 150 149 147 146 145
## [54,] 157 156 155 154 152 150 149 148 147 146 145 144
## [55,] 155 154 152 152 150 148 147 146 145 145 143 142
## [56,] 153 153 151 149 147 146 144 144 143 143 142 141
## [57,] 151 151 150 148 146 144 142 141 141 142 141 140
## [58,] 150 150 149 147 144 142 141 140 140 140 140 140
## [59,] 150 150 149 146 143 141 140 140 139 139 139 140
## [60,] 150 150 148 145 142 140 138 138 138 137 138 140
## [61,] 150 150 147 143 141 139 137 136 136 135 136 138
## [62,] 150 148 145 142 139 138 136 135 134 134 134 136
## [63,] 150 147 144 141 139 136 135 134 133 132 132 134
## [64,] 149 146 143 140 138 135 134 133 131 131 131 131
## [65,] 147 145 142 139 137 134 132 131 130 129 128 128
## [66,] 145 143 141 138 135 133 130 129 128 127 126 125
## [67,] 141 139 136 133 131 129 128 127 126 125 124 123
## [68,] 138 135 133 130 128 127 126 125 124 123 122 121
## [69,] 135 133 130 128 127 126 125 123 122 121 120 119
## [70,] 133 131 129 127 125 124 123 122 120 119 118 117
## [71,] 130 129 127 125 124 122 121 120 119 117 116 115
## [72,] 127 126 125 124 122 121 119 118 117 116 114 113
## [73,] 125 124 123 122 121 119 118 117 116 114 113 112
## [74,] 123 121 120 120 119 118 117 116 115 114 113 111
## [75,] 121 120 119 118 118 117 116 115 114 113 112 111
## [76,] 118 118 118 117 116 116 115 114 113 112 111 110
## [77,] 113 114 115 115 115 114 113 112 111 110 108 108
## [78,] 111 111 112 112 113 113 112 111 110 108 107 106
## [79,] 110 111 111 111 112 112 112 110 107 107 106 105
## [80,] 110 111 111 111 111 111 111 108 106 105 105 102
## [81,] 109 110 111 111 111 110 110 107 105 103 104 100
## [82,] 109 110 110 111 110 110 109 106 105 100 102 100
## [83,] 107 109 109 110 110 109 108 105 102 100 100 99
## [84,] 106 107 109 109 109 109 107 104 101 100 99 99
## [85,] 105 106 109 108 109 107 105 102 100 100 99 99
## [86,] 103 104 105 106 105 104 101 100 100 99 99 98
## [87,] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 99 99 98
## [,38] [,39] [,40] [,41] [,42] [,43] [,44] [,45] [,46] [,47] [,48] [,49]
## [1,] 110 110 110 108 108 108 107 107 108 108 108 108
## [2,] 115 114 112 110 110 110 109 108 109 109 109 109
## [3,] 121 120 118 116 114 112 111 110 110 110 110 109
## [4,] 127 126 124 122 120 117 116 113 111 110 110 110
## [5,] 132 131 130 128 126 122 119 115 114 112 110 110
## [6,] 136 136 135 133 129 126 122 118 116 115 113 111
## [7,] 140 140 139 137 134 129 125 121 118 116 114 112
## [8,] 144 143 142 141 139 135 130 126 122 118 116 114
## [9,] 148 146 145 143 142 139 135 131 127 122 119 117
## [10,] 151 149 148 146 144 141 137 134 130 125 122 120
## [11,] 157 154 151 149 146 144 140 137 133 129 126 124
## [12,] 162 159 157 154 152 149 144 140 136 133 131 128
## [13,] 169 166 163 161 158 153 148 143 140 137 134 131
## [14,] 174 171 169 165 161 156 152 148 144 140 138 135
## [15,] 178 177 172 168 164 160 156 152 148 144 141 138
## [16,] 181 180 176 172 168 165 161 157 153 149 145 142
## [17,] 186 182 179 175 171 168 165 162 157 152 149 145
## [18,] 188 186 183 180 175 171 168 165 161 157 152 149
## [19,] 190 190 187 184 181 177 172 169 165 161 156 152
## [20,] 191 190 190 188 184 181 177 173 169 165 160 155
## [21,] 190 190 190 189 186 184 181 177 173 169 164 158
## [22,] 184 185 186 187 186 185 184 181 177 173 169 163
## [23,] 177 179 180 182 183 182 181 181 180 176 171 166
## [24,] 172 174 177 178 179 180 181 181 180 179 174 167
## [25,] 168 171 175 176 178 180 181 180 180 179 177 170
## [26,] 165 168 173 176 178 179 180 181 180 180 175 173
## [27,] 162 166 170 175 177 178 180 181 181 180 178 175
## [28,] 159 163 169 173 175 178 180 181 180 180 179 175
## [29,] 158 164 169 174 178 180 180 180 180 178 177 175
## [30,] 158 163 170 173 177 179 180 180 180 178 175 173
## [31,] 159 166 171 175 177 179 180 180 179 176 174 171
## [32,] 161 169 172 174 176 178 178 178 178 175 172 169
## [33,] 166 170 170 173 175 176 178 176 173 171 168 164
## [34,] 167 170 170 171 173 173 173 170 168 165 163 160
## [35,] 169 168 167 168 168 168 168 167 165 163 160 156
## [36,] 166 164 163 161 162 163 163 163 161 160 157 153
## [37,] 164 162 160 157 156 157 158 158 156 153 151 149
## [38,] 163 161 157 154 153 152 152 152 149 148 147 144
## [39,] 161 158 154 150 149 148 146 145 143 143 143 140
## [40,] 159 155 152 148 145 143 141 140 139 139 138 136
## [41,] 156 153 149 145 142 139 138 137 136 135 133 131
## [42,] 153 150 147 143 140 137 136 134 133 132 130 129
## [43,] 149 147 144 141 138 135 134 132 130 129 128 126
## [44,] 146 143 140 138 136 133 132 130 129 128 125 124
## [45,] 142 139 137 135 133 131 130 129 128 127 125 123
## [46,] 142 139 137 135 132 130 129 127 126 125 124 123
## [47,] 141 139 136 134 132 130 128 127 126 124 123 122
## [48,] 142 139 137 135 132 131 128 126 125 124 122 121
## [49,] 143 140 138 135 134 132 130 127 125 123 121 120
## [50,] 143 141 138 136 134 132 130 128 125 123 121 120
## [51,] 143 141 139 136 134 132 130 128 125 122 120 120
## [52,] 143 142 140 137 134 131 129 126 124 122 120 119
## [53,] 144 142 141 138 135 132 128 125 122 120 118 117
## [54,] 142 141 140 139 136 132 129 125 121 118 116 115
## [55,] 141 140 140 140 137 133 129 125 120 117 115 111
## [56,] 140 140 140 140 138 134 130 123 120 118 111 110
## [57,] 140 140 140 140 140 136 132 126 120 115 110 110
## [58,] 140 140 140 140 140 137 133 128 120 117 110 110
## [59,] 140 140 140 140 140 137 133 129 121 118 110 110
## [60,] 140 140 140 140 140 137 134 130 122 118 110 110
## [61,] 140 140 140 140 139 136 134 130 123 119 113 109
## [62,] 138 137 138 139 137 134 132 125 122 117 114 109
## [63,] 134 134 134 135 133 131 128 124 120 116 113 110
## [64,] 131 131 131 130 127 124 122 119 117 115 112 109
## [65,] 128 128 128 126 123 121 119 116 114 112 110 108
## [66,] 125 125 124 123 120 118 116 114 111 109 107 106
## [67,] 123 122 121 120 118 116 114 112 108 107 105 103
## [68,] 120 119 118 117 115 114 112 110 106 105 102 101
## [69,] 117 116 115 114 112 111 108 107 105 100 100 100
## [70,] 116 114 112 111 108 109 106 106 100 100 100 100
## [71,] 114 112 110 109 108 107 105 105 100 100 100 100
## [72,] 112 110 109 108 106 106 105 100 100 100 98 98
## [73,] 110 109 108 107 106 105 100 100 100 97 97 97
## [74,] 109 109 107 106 105 100 100 100 96 96 96 96
## [75,] 108 108 106 105 100 100 100 96 96 96 96 96
## [76,] 107 107 105 100 100 100 97 96 96 96 96 96
## [77,] 106 105 100 100 100 97 97 96 96 96 96 96
## [78,] 105 100 100 100 98 97 97 96 96 96 96 96
## [79,] 102 100 100 99 98 97 97 96 96 96 96 96
## [80,] 101 100 99 99 98 97 97 96 96 96 96 96
## [81,] 100 99 99 98 98 97 97 96 96 96 96 96
## [82,] 99 99 99 98 98 97 97 96 96 96 96 96
## [83,] 99 99 98 98 98 97 96 96 96 96 96 95
## [84,] 99 98 98 98 97 96 96 96 96 95 95 95
## [85,] 98 98 98 97 96 96 96 96 95 95 95 95
## [86,] 98 97 97 97 96 96 96 95 95 95 95 95
## [87,] 97 97 97 96 96 96 95 95 95 95 94 94
## [,50] [,51] [,52] [,53] [,54] [,55] [,56] [,57] [,58] [,59] [,60] [,61]
## [1,] 108 107 107 107 107 106 106 105 105 104 104 103
## [2,] 108 108 108 108 107 107 106 106 105 105 104 104
## [3,] 109 109 109 108 108 107 107 106 106 105 105 104
## [4,] 109 109 109 109 108 108 107 107 106 106 105 105
## [5,] 110 110 110 109 109 108 107 107 107 106 106 105
## [6,] 110 110 110 110 109 108 108 108 107 107 106 106
## [7,] 110 110 110 111 110 109 109 108 108 107 107 106
## [8,] 112 112 113 112 110 110 109 109 108 108 107 106
## [9,] 115 115 115 114 112 110 110 109 109 108 107 107
## [10,] 118 117 117 115 113 111 110 110 109 108 107 107
## [11,] 121 119 118 116 114 112 111 110 109 108 107 106
## [12,] 125 122 119 117 115 113 111 110 109 108 107 106
## [13,] 128 125 120 118 116 114 112 110 109 108 107 105
## [14,] 131 127 123 119 117 115 113 111 110 108 106 105
## [15,] 134 130 126 121 117 114 112 110 110 108 106 104
## [16,] 138 133 129 125 120 115 111 110 110 108 106 104
## [17,] 141 137 131 125 120 116 111 110 110 108 106 104
## [18,] 145 141 134 127 121 116 112 110 110 108 106 104
## [19,] 147 143 139 131 123 119 115 111 110 108 106 105
## [20,] 149 145 142 136 129 123 118 114 110 108 108 107
## [21,] 152 148 144 140 134 125 118 115 111 110 108 107
## [22,] 157 149 145 141 136 130 119 116 112 110 108 106
## [23,] 160 152 147 142 138 133 126 121 115 110 106 105
## [24,] 161 155 148 144 139 134 128 121 115 110 106 105
## [25,] 163 157 150 144 139 134 128 121 115 110 108 107
## [26,] 166 159 152 145 139 134 127 121 115 110 109 108
## [27,] 169 160 154 148 140 134 128 121 115 110 110 109
## [28,] 170 160 154 149 142 135 128 122 116 111 110 110
## [29,] 170 161 153 148 142 135 129 123 116 113 112 110
## [30,] 171 162 154 147 141 136 130 124 117 115 112 110
## [31,] 168 159 151 146 141 135 129 124 119 116 113 110
## [32,] 162 156 149 144 140 134 128 123 118 115 112 110
## [33,] 158 153 146 140 137 132 127 121 117 113 111 110
## [34,] 155 149 143 138 134 130 125 119 116 112 110 109
## [35,] 152 146 140 136 131 128 122 118 114 110 110 109
## [36,] 148 142 136 130 127 124 120 117 113 110 110 109
## [37,] 144 139 130 127 124 121 118 115 112 110 110 109
## [38,] 140 134 128 125 122 119 117 114 110 110 109 109
## [39,] 136 130 126 123 120 118 115 112 110 110 109 109
## [40,] 132 128 124 121 118 116 114 111 110 110 109 108
## [41,] 129 126 122 119 117 114 112 110 110 109 108 107
## [42,] 127 125 121 118 115 112 110 110 110 108 107 107
## [43,] 124 122 120 117 113 111 110 110 110 108 107 107
## [44,] 122 120 119 117 114 111 110 110 109 108 107 107
## [45,] 121 120 118 116 113 111 110 110 109 108 107 106
## [46,] 120 120 117 116 114 112 110 110 108 107 106 106
## [47,] 120 119 117 116 114 112 111 109 107 106 106 105
## [48,] 120 119 117 115 113 111 110 109 106 105 105 104
## [49,] 120 119 116 114 112 110 110 108 106 105 104 104
## [50,] 120 118 116 113 111 110 110 109 106 105 104 104
## [51,] 119 117 115 113 110 110 109 107 106 105 104 104
## [52,] 117 115 113 111 110 109 109 107 106 105 104 104
## [53,] 115 113 112 110 109 108 108 106 105 105 104 104
## [54,] 113 111 110 109 108 108 107 106 105 104 104 104
## [55,] 110 110 109 108 107 107 106 105 105 104 104 103
## [56,] 110 110 108 107 106 108 105 105 104 104 103 103
## [57,] 110 109 107 106 105 107 105 104 104 104 103 103
## [58,] 110 108 106 105 105 106 105 104 104 103 103 103
## [59,] 109 107 106 105 105 105 104 104 103 103 103 102
## [60,] 108 106 105 103 104 104 104 104 103 103 102 102
## [61,] 108 106 104 103 104 104 104 103 103 102 102 101
## [62,] 107 105 103 102 104 104 103 103 102 102 101 101
## [63,] 107 104 102 102 103 103 103 102 102 102 101 100
## [64,] 106 104 101 102 103 103 102 102 102 101 100 100
## [65,] 105 103 101 103 103 103 102 102 101 100 100 100
## [66,] 104 102 100 101 101 102 102 101 100 100 100 100
## [67,] 102 100 100 100 100 101 101 100 100 100 100 100
## [68,] 100 100 100 100 100 100 100 100 99 99 99 99
## [69,] 100 100 100 100 99 99 99 99 99 99 99 98
## [70,] 100 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 97
## [71,] 99 99 99 98 98 98 98 98 97 97 97 97
## [72,] 98 98 98 98 97 97 97 97 97 97 97 96
## [73,] 97 97 97 97 96 96 96 96 96 96 96 96
## [74,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96
## [75,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96
## [76,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96
## [77,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96
## [78,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96
## [79,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 95
## [80,] 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 95 95
## [81,] 96 96 96 96 96 95 95 95 95 95 95 95
## [82,] 96 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 94
## [83,] 95 95 95 95 95 95 94 94 94 94 94 94
## [84,] 95 95 95 95 94 94 94 94 94 94 94 94
## [85,] 95 95 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94
## [86,] 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94
## [87,] 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94 94
library(tidyverse)
## ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
## ✔ dplyr 1.1.0 ✔ readr 2.1.4
## ✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.0
## ✔ ggplot2 3.4.1 ✔ tibble 3.2.0
## ✔ lubridate 1.9.2 ✔ tidyr 1.3.0
## ✔ purrr 1.0.1
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
## ℹ Use the ]8;;http://conflicted.r-lib.org/conflicted package]8;; to force all conflicts to become errors
volcano %>%
# Data Wrangling
as_tibble() %>%
rowid_to_column(var = "X") %>%
gather(key = "Y", value = Z, -1) %>%
# change Y to numeric
mutate(Y = as.numeric(gsub("V","", Y)))
## Warning: The `x` argument of `as_tibble.matrix()` must have unique column names if
## `.name_repair` is omitted as of tibble 2.0.0.
## ℹ Using compatibility `.name_repair`.
## This warning is displayed once every 8 hours.
## Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was
## generated.
## # A tibble: 5,307 × 3
## X Y Z
## <int> <dbl> <dbl>
## 1 1 1 100
## 2 2 1 101
## 3 3 1 102
## 4 4 1 103
## 5 5 1 104
## 6 6 1 105
## 7 7 1 105
## 8 8 1 106
## 9 9 1 107
## 10 10 1 108
## # ℹ 5,297 more rows
# Using plotly for plots
# Library
library(ggplot2)
library(hrbrthemes)
## NOTE: Either Arial Narrow or Roboto Condensed fonts are required to use these themes.
## Please use hrbrthemes::import_roboto_condensed() to install Roboto Condensed and
## if Arial Narrow is not on your system, please see https://bit.ly/arialnarrow
## Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X =x, Y=y)
data$Z <- runif(400,0,5)
data
## X Y Z
## 1 A var1 1.15165123
## 2 B var1 0.32102965
## 3 C var1 0.30480943
## 4 D var1 4.40522505
## 5 E var1 0.55301786
## 6 F var1 1.02045002
## 7 G var1 2.83387146
## 8 H var1 1.53930147
## 9 I var1 2.10321656
## 10 J var1 2.66765986
## 11 K var1 4.44964782
## 12 L var1 1.04995473
## 13 M var1 1.97533170
## 14 N var1 4.39764037
## 15 O var1 4.34918612
## 16 P var1 0.12020966
## 17 Q var1 2.10751430
## 18 R var1 1.40902751
## 19 S var1 0.73905362
## 20 T var1 3.45307528
## 21 A var2 4.23884540
## 22 B var2 4.45379529
## 23 C var2 0.40217463
## 24 D var2 4.23463548
## 25 E var2 2.39054539
## 26 F var2 3.14111228
## 27 G var2 3.44399159
## 28 H var2 2.64087724
## 29 I var2 0.37964069
## 30 J var2 3.02397002
## 31 K var2 1.03744187
## 32 L var2 0.93276276
## 33 M var2 1.86558893
## 34 N var2 0.93180898
## 35 O var2 0.63404934
## 36 P var2 2.11056289
## 37 Q var2 4.85308727
## 38 R var2 3.13162856
## 39 S var2 4.58631446
## 40 T var2 3.29647246
## 41 A var3 2.89417006
## 42 B var3 1.56260305
## 43 C var3 3.17749090
## 44 D var3 2.53409838
## 45 E var3 4.84555877
## 46 F var3 2.39017301
## 47 G var3 1.59129162
## 48 H var3 4.37203300
## 49 I var3 1.43620349
## 50 J var3 4.63903379
## 51 K var3 1.56715734
## 52 L var3 1.75125956
## 53 M var3 2.12079519
## 54 N var3 3.27613639
## 55 O var3 1.85116750
## 56 P var3 4.83143680
## 57 Q var3 4.88195303
## 58 R var3 2.18879980
## 59 S var3 2.88319572
## 60 T var3 3.74210851
## 61 A var4 0.89908042
## 62 B var4 2.57028311
## 63 C var4 1.09242372
## 64 D var4 3.93338810
## 65 E var4 1.19765534
## 66 F var4 0.44350232
## 67 G var4 1.43326198
## 68 H var4 0.27591123
## 69 I var4 1.17358195
## 70 J var4 4.81982368
## 71 K var4 4.68587764
## 72 L var4 2.77722802
## 73 M var4 0.84180310
## 74 N var4 2.88881689
## 75 O var4 2.29315266
## 76 P var4 2.97529904
## 77 Q var4 3.20617743
## 78 R var4 0.74410233
## 79 S var4 1.67385600
## 80 T var4 3.83582538
## 81 A var5 1.27468447
## 82 B var5 1.26321462
## 83 C var5 0.96951104
## 84 D var5 1.97092694
## 85 E var5 0.48107322
## 86 F var5 1.37376813
## 87 G var5 2.07815109
## 88 H var5 4.79462818
## 89 I var5 4.34854116
## 90 J var5 3.72462031
## 91 K var5 2.52741981
## 92 L var5 1.53037233
## 93 M var5 0.53367933
## 94 N var5 1.12129710
## 95 O var5 4.72672931
## 96 P var5 2.44518717
## 97 Q var5 3.23531010
## 98 R var5 1.95895314
## 99 S var5 1.46033721
## 100 T var5 3.92598060
## 101 A var6 1.76043334
## 102 B var6 1.86995025
## 103 C var6 1.84127165
## 104 D var6 3.60507804
## 105 E var6 4.84419905
## 106 F var6 0.74723228
## 107 G var6 4.41298134
## 108 H var6 4.54766368
## 109 I var6 0.80524913
## 110 J var6 2.84697923
## 111 K var6 2.23111919
## 112 L var6 0.93543345
## 113 M var6 3.13020668
## 114 N var6 4.97448557
## 115 O var6 2.62214483
## 116 P var6 0.31601184
## 117 Q var6 1.73365308
## 118 R var6 3.10721810
## 119 S var6 0.64964859
## 120 T var6 3.89968948
## 121 A var7 4.50188949
## 122 B var7 0.56055807
## 123 C var7 2.57736750
## 124 D var7 1.07837889
## 125 E var7 4.93775675
## 126 F var7 2.41793743
## 127 G var7 1.39515325
## 128 H var7 4.50326907
## 129 I var7 3.38430845
## 130 J var7 0.30279465
## 131 K var7 1.61337054
## 132 L var7 1.23101530
## 133 M var7 1.03232187
## 134 N var7 4.17442610
## 135 O var7 3.59603694
## 136 P var7 3.99146505
## 137 Q var7 4.52422263
## 138 R var7 2.44452170
## 139 S var7 0.73751396
## 140 T var7 2.12802910
## 141 A var8 4.57733513
## 142 B var8 3.43280184
## 143 C var8 0.90334396
## 144 D var8 2.17008997
## 145 E var8 2.17387252
## 146 F var8 4.09470894
## 147 G var8 4.52452590
## 148 H var8 0.38671574
## 149 I var8 0.59937705
## 150 J var8 0.33880965
## 151 K var8 2.53024592
## 152 L var8 3.87393865
## 153 M var8 0.92888572
## 154 N var8 2.22221770
## 155 O var8 3.69950361
## 156 P var8 0.40699295
## 157 Q var8 2.09157628
## 158 R var8 1.72906861
## 159 S var8 0.84889811
## 160 T var8 4.99898213
## 161 A var9 1.82795167
## 162 B var9 1.72273466
## 163 C var9 1.25938058
## 164 D var9 3.38505591
## 165 E var9 0.61617906
## 166 F var9 4.23144006
## 167 G var9 1.02347041
## 168 H var9 2.51103413
## 169 I var9 1.02177698
## 170 J var9 3.01668180
## 171 K var9 0.56983537
## 172 L var9 3.09266948
## 173 M var9 2.42549837
## 174 N var9 4.31808601
## 175 O var9 1.24735237
## 176 P var9 2.68849631
## 177 Q var9 3.26386404
## 178 R var9 2.72251082
## 179 S var9 0.52332162
## 180 T var9 4.25692159
## 181 A var10 3.67557882
## 182 B var10 0.46211757
## 183 C var10 1.65699752
## 184 D var10 0.87426118
## 185 E var10 4.81135144
## 186 F var10 2.59589230
## 187 G var10 0.86255588
## 188 H var10 2.83103516
## 189 I var10 1.09136147
## 190 J var10 2.21798077
## 191 K var10 3.69997688
## 192 L var10 4.30221245
## 193 M var10 1.66578293
## 194 N var10 3.24423959
## 195 O var10 3.12877698
## 196 P var10 3.39699794
## 197 Q var10 1.56920110
## 198 R var10 1.46574527
## 199 S var10 1.55647471
## 200 T var10 0.90880741
## 201 A var11 0.53234229
## 202 B var11 3.76176113
## 203 C var11 3.79674594
## 204 D var11 0.81485973
## 205 E var11 1.64589199
## 206 F var11 0.69718545
## 207 G var11 2.92776006
## 208 H var11 4.92414272
## 209 I var11 0.45014836
## 210 J var11 4.56033882
## 211 K var11 2.18982315
## 212 L var11 4.00210837
## 213 M var11 1.56554901
## 214 N var11 3.83829883
## 215 O var11 0.23194961
## 216 P var11 4.14207515
## 217 Q var11 1.08392448
## 218 R var11 0.02805339
## 219 S var11 2.19547919
## 220 T var11 3.23547241
## 221 A var12 3.50339805
## 222 B var12 2.47863649
## 223 C var12 0.56575786
## 224 D var12 3.88964322
## 225 E var12 2.25574715
## 226 F var12 1.31435870
## 227 G var12 2.10349762
## 228 H var12 1.68342639
## 229 I var12 0.80804937
## 230 J var12 4.72723565
## 231 K var12 3.47113326
## 232 L var12 1.89903183
## 233 M var12 4.97605178
## 234 N var12 2.25111836
## 235 O var12 2.27821419
## 236 P var12 4.58335802
## 237 Q var12 3.03831725
## 238 R var12 2.10947950
## 239 S var12 2.07776757
## 240 T var12 0.30260123
## 241 A var13 4.88569213
## 242 B var13 3.11935825
## 243 C var13 3.88338233
## 244 D var13 4.55206884
## 245 E var13 4.38543542
## 246 F var13 3.91313007
## 247 G var13 2.53136304
## 248 H var13 0.57636659
## 249 I var13 1.46466227
## 250 J var13 1.69543224
## 251 K var13 3.04273546
## 252 L var13 2.18032897
## 253 M var13 3.61000686
## 254 N var13 0.24379784
## 255 O var13 1.94572386
## 256 P var13 1.24507502
## 257 Q var13 3.53059846
## 258 R var13 1.49893436
## 259 S var13 4.49733380
## 260 T var13 4.54260921
## 261 A var14 1.23638664
## 262 B var14 1.22876794
## 263 C var14 4.39686237
## 264 D var14 4.46224687
## 265 E var14 0.43105929
## 266 F var14 1.43372324
## 267 G var14 3.02431323
## 268 H var14 2.18767268
## 269 I var14 2.18419504
## 270 J var14 1.30807365
## 271 K var14 0.43101308
## 272 L var14 3.37454353
## 273 M var14 2.61725393
## 274 N var14 0.11095051
## 275 O var14 2.40048543
## 276 P var14 0.01492625
## 277 Q var14 1.83280125
## 278 R var14 2.43463231
## 279 S var14 2.05257435
## 280 T var14 1.79813004
## 281 A var15 0.04239732
## 282 B var15 3.72155789
## 283 C var15 1.21907207
## 284 D var15 1.19592605
## 285 E var15 4.63291950
## 286 F var15 2.81709986
## 287 G var15 2.70197054
## 288 H var15 0.25415124
## 289 I var15 3.20493329
## 290 J var15 0.02128226
## 291 K var15 4.22461007
## 292 L var15 1.54472143
## 293 M var15 1.90699923
## 294 N var15 0.07528798
## 295 O var15 3.96848085
## 296 P var15 1.89280022
## 297 Q var15 1.65182674
## 298 R var15 0.79822269
## 299 S var15 0.75017841
## 300 T var15 2.59041494
## 301 A var16 2.29289076
## 302 B var16 0.63733683
## 303 C var16 1.32626496
## 304 D var16 4.98701718
## 305 E var16 2.24323161
## 306 F var16 3.10121018
## 307 G var16 0.57147489
## 308 H var16 2.40369623
## 309 I var16 2.22603555
## 310 J var16 2.76848980
## 311 K var16 0.92875105
## 312 L var16 1.16875447
## 313 M var16 1.48789097
## 314 N var16 4.99350239
## 315 O var16 4.72343812
## 316 P var16 0.10917044
## 317 Q var16 1.56186363
## 318 R var16 2.89116066
## 319 S var16 3.67106666
## 320 T var16 1.47728475
## 321 A var17 0.91890326
## 322 B var17 2.41197900
## 323 C var17 3.51497891
## 324 D var17 3.30944881
## 325 E var17 4.20258855
## 326 F var17 2.75885708
## 327 G var17 1.28132439
## 328 H var17 1.61315063
## 329 I var17 1.52778300
## 330 J var17 1.24402143
## 331 K var17 0.97152580
## 332 L var17 2.12374844
## 333 M var17 0.24139880
## 334 N var17 0.61528875
## 335 O var17 1.89760461
## 336 P var17 3.47228616
## 337 Q var17 1.49048769
## 338 R var17 3.72334645
## 339 S var17 3.97712830
## 340 T var17 2.54020277
## 341 A var18 4.94028227
## 342 B var18 2.43586423
## 343 C var18 3.30681751
## 344 D var18 1.40247882
## 345 E var18 0.97730037
## 346 F var18 4.01097929
## 347 G var18 1.03401002
## 348 H var18 3.04026122
## 349 I var18 1.95877870
## 350 J var18 4.29362449
## 351 K var18 2.63262883
## 352 L var18 2.56866523
## 353 M var18 0.29959819
## 354 N var18 0.97431585
## 355 O var18 4.43054692
## 356 P var18 3.02175428
## 357 Q var18 3.40851991
## 358 R var18 0.95661070
## 359 S var18 4.45578084
## 360 T var18 0.47532082
## 361 A var19 4.50048254
## 362 B var19 0.31845544
## 363 C var19 4.24814972
## 364 D var19 0.81229971
## 365 E var19 3.91076368
## 366 F var19 4.15959755
## 367 G var19 3.40626501
## 368 H var19 0.28406496
## 369 I var19 2.71434769
## 370 J var19 2.12205709
## 371 K var19 3.33993174
## 372 L var19 2.89495352
## 373 M var19 0.02760925
## 374 N var19 4.03388925
## 375 O var19 3.39852984
## 376 P var19 0.51477668
## 377 Q var19 1.58398244
## 378 R var19 4.35082074
## 379 S var19 2.81430093
## 380 T var19 1.88324582
## 381 A var20 1.14742310
## 382 B var20 1.20580670
## 383 C var20 4.95617682
## 384 D var20 0.64120780
## 385 E var20 3.86861543
## 386 F var20 2.67324221
## 387 G var20 1.87415870
## 388 H var20 3.50305765
## 389 I var20 2.21164810
## 390 J var20 2.40667168
## 391 K var20 0.67685681
## 392 L var20 2.00094713
## 393 M var20 2.33448898
## 394 N var20 3.86928610
## 395 O var20 1.99166992
## 396 P var20 1.71539187
## 397 Q var20 2.74957358
## 398 R var20 1.04716013
## 399 S var20 2.94918613
## 400 T var20 2.82408680
library(plotly)
##
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layout
# classic ggplot, with text in aes
p <- ggplot(data, aes(X,Y, fill = Z))+geom_tile()
p
pp <- ggplotly(p,tooltip = "text" )
pp
library(plotly)
ggplotly(p)